御祭神は菅原道真公、1297年（永仁5年）加賀国主富樫義親京都北野天満宮より丹波屋敷（現在の兼六園と金沢医療センター付近の山崎と称する所に勧請（かんじょう）しました。
その後、加賀藩前田家の祈祷所となって、城郭の鎮守として庇護（ひご）した5つの神社「金沢五社」（宇多須神社、小坂神社、神明宮、椿原天満宮、安江八幡宮）の筆頭格であったともされています。

1624〜1644（寛永年間）、「椿原山」と称する現在地に移転しました。戦国時代には一向一揆の砦だった歴史的な痕跡も残しています。

加賀藩の崇敬厚い神社で、学業成就、学問・詩歌・文筆の向上の御利益があるとされて、毎年多くの学生や受験生が参拝します。